なぜか、テーマ配下にしか設置できなかった SELENE.GA4K。いちいち修正いれるのに、フォルダを潜っていってファイルをアップロードするのは面倒ということで、調べたところ上位フォルダにも相対パスでインクルードできることがわかりました。はい、わたくしの PHP の知識不足です。

dirname(__FILE__) という関数を使うようです。
→hycko.blog:携帯サイトにGoogle Analyticsを設置する方法

埋め込むコードとしてはこんな感じ。

require_once(dirname(__FILE__) . '/../../../../../../GoogleAnalytics/Config/analytics_config.php');
require_once(dirname(__FILE__) . '/../../../../../../GoogleAnalytics/Service/analytics.php');
sendGoogleAnalytics(ANALYTICS_ID, WEBSITE_DOMAIN);

「/..」が多すぎですね。(「/..」の数はご自分の設置場所に合わせてください。)

もう少し調べているとどうやら相対パスより絶対パスの方が処理速度が速いようです。
→GO!’s Lab α:dirname(__FILE__)でinclude()の相対パストラブル解決